Γεννήθηκε στην Ύδρα στις 9 Απριλίου 1855 και καταγόταν από την αρχοντική ναυτική οικογένεια Κουντουριώτη. Ήταν γιος του Θεοδώρου Κουντουριώτη, γιου του πρώην πρωθυπουργού της Ελλάδας Γεωργίου.
Ακολουθώντας την ναυτική παράδοση της οικογένειας το 1875 κατατάχθηκε στο Βασιλικό Ναυτικό. Το 1886 συμμετείχε ως Υποπλοίαρχος σε ναυτικές επιχειρήσεις στην Πρέβεζα, καθώς και σε αυτές στην Κρήτη κατά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897 με τον βαθμό του Πλωτάρχη.










