Η Διοίκηση Ελικοπτέρων Ναυτικού υπάγεται στο Αρχηγείο Στόλου με σχέση Διοικητικής και Επιχειρησιακής Διοικήσεως.Στη ΔΕΝ υπάγονται υπό πλήρη διοίκηση η Σχολή Ελικοπτέρων Ναυτικού (ΣΕΝ), η Βάση Ελικοπτέρων Ναυτικού (ΒΕΝ) και ο Ελικοσταθμός Αμφιάλης ενώ υπό διοικητική διοίκηση υπάγονται οι Μοίρες Ελικοπτέρων Ναυτικού (ΜΕΝ/1 – ΜΕΝ/2).

